-
1970 – 1972, 1974 – 1975
Konzervatórium v Bratislave (organ – Irma Skuhrová)
-
1972 – 1973
Hochschule für Musik v Mníchove (organ – Karl Richter)
-
1975 – 1979
VŠMU (organ – Ferdinand Klinda)
-
1975
Hochschule für Musik Franza Liszta vo Weimare, Nemecko (Johannes Ernst Köhler)
-
1976
Haarlem, Holandsko (Anton Heiller a Louis Toebosch) a Letná akadémia v Saint Maxime, Francúzsko (André Striker a André Isoir)
-
1969 – 1974
štúdium teológie na Evanjelickej bohosloveckej fakulte UK v Bratislave
-
1980 – 1983
VŠMU, interný ašpirant (Ferdinand Klinda)
-
od 1983
organový pedagóg na VŠMU (1991 docent, 1998 profesor)
-
1995 – 2001
vedúci oddelenia cirkevnej hudby VŠMU
-
2000 – 2007
dekan Hudobnej a tanečnej fakulty VŠMU
Za vyše štvrťstoročie rozvinul Ján Vladimír Michalko bohatú koncertnú aktivitu. Predstavil sa na všetkých domácich organových festivaloch, prehliadkach tvorby, organových cykloch a pod. (Slovenské historické organy, Organové koncerty pod Pyramídou, Dni organovej hudby v Bratislave, BHS, MOF Košice, medzinárodný festival Musica sacra – Nitra, Kremnický hradný organ, Trnavské organové dni, Nová slovenská hudba, Melos-Étos, Večery novej hudby a i.). Bol spoluúčastníkom projektu kompletného uvedenia tvorby Oliviera Messiaena v Bratislave (1989); pri príležitosti centenária narodenia Césara Francka predniesol v Koncertnej sieni SRo kompletné skladateľovo organové dielo. V roku 1996 uviedol v slovenskej premiére celovečerný opus Petra Ebena Jób pre organ a o rok neskôr na festivale FORFEST ’97 v Kroměříži v svetovej premiére dielo Exodus Romana Bergera. Slovenské interpretačné umenie reprezentoval v rámci osláv 300. výročia narodenia J. S. Bacha v lipskom Gewandhause (1985), Dní Bratislavy v Krakove (1985), na Dňoch slovenskej kultúry v Chorvátsku (1997) a na Festivale stredoeurópskej kultúry v Londýne (1998).
Popri domácich pódiách koncertuje vo významných európskych hudobných centrách, vo Veľkej Británii a v USA.
Vystúpil s poprednými slovenskými telesami pod taktovkou Ľudovíta Rajtera, Bystríka Režuchu, Bohdana Warchala, Petra Zajíčka. Ako komorný partner pravidelne spolupracuje s Jurajom Bartošom (tr) a spevákom Jozefom Bencim (br). Michalko je aj vynikajúcim improvizátorom. Okrem interpretačnej a pedagogickej činnosti je aktívny i v oblasti publikačnej, scenáristickej a kompozičnej (autor organovej hudby pre divadelné inscenácie, pre hrané a dokumentárne filmy).
J. V. Michalko sa zaslúžil o záchranu a propagáciu vzácnych historických organov na Slovensku, každoročne organizuje medzinárodný hudobný festival Slovenské historické organy. V spolupráci s vydavateľstvom Diskant zdokumentoval na 10 CD zvuk historických organov najvýznamnejších organárov pôsobiacich na Slovensku.
„Michalkov interpretačný rukopis sa formoval zo širokého zázemia jeho vedomostí, svetonázoru, znalosti rozsiahleho repertoáru širokého autorského a štýlového spektra, bohatých skúseností s veľkým počtom nástrojov doma i v zahraničí. Má zmysel pre nepatetickú drobnokresbu starších majstrov i pre zvukovú rafinovanosť francúzskych opusov, čo cítime v sugestívnych oblúkoch hudby Césara Francka.“ (Vladimír Čížik: Slovník slovenského koncertného umenia I., Hudobné centrum, Bratislava 2002, s. 91-93.)